Algarinejo es un pueblo que remonta sus orígenes al calcolítico, en el yacimiento de Villavieja. También hay presencia de Roma, con la villa romana. Pero sería en el periodo musulmán cuando se fundó la alquería de "al-Garín".
En la época de la Ilustración, siglo xviii , vería construirse su principal monumento, la iglesia de Santa María La Mayor, por el renombrado arquitecto neoclásico Ventura Rodríguez.
La familia de los Fernández de Córdoba, marqueses de Algarinejo, marcarían el devenir de Algarinejo durante siglos.